Pellaeon byl na post Nejvyššího velitele tou nejlepší volbou. Tento bystrý imperiální důstojník ze staré školy možná nebyl nejlepším vojenským stratégem – s velkoadmirálem Thrawnem se rozhodně nedá srovnávat – jeho manažerské a diplomatické schopnosti však byly Impériu k nezaplacení. Narozdíl od předešlých válečných lordů Pellaeon nezamýšlel vládnout absolutně nějakému kousku galaxie, jeho cílem bylo obnovit zašlou slávu Impéria a uchovat základní ideu Nového řádu, a pro tento cíl získávat spojence.
Pellaeon tedy převzal kontrolu nad tím, co zbylo z Daaliny flotily, Jaxova Impéria a Pentastarského seskupení a pustil se do přebudování Impéria. Po mnoha letech vrátil Impériu jeho institucionální rámec, když oddělil vojenské velení od politického. Nejvyšším výkonným orgánem se stala Rada moffů, složená ze suverénních vládců jednotlivých sektorů. Bylo vytvořeno administrativní centrum, které však vzhledem k oslabené pozici Impéria a hrozbě ze strany Nové republiky bylo pečlivě utajeno a podle potřeby mohlo být stěhováno z planety na planetu – tak se zrodil Bastion.
Myšlenka na konečné zničení Nové republiky však opuštěna nebyla, a tak po čase začal další útok proti ní. Díky stabilní vnitropolitické situaci v Impériu a počínajícími roztržkami uvnitř Nové republiky bylo nové tažení zpočátku úspěšné a imperiální území se stále zvětšovalo. Nová republika se však dokázala vzchopit a v sérii protiútoků zatlačila Impérium až na pouhých osm sektorů ve Vnějším pásu na hranici Neznámých regionů a posléze o ně ztratila zájem. Od té doby se Impérium už nikdy k žádnému většímu útoku nevzchopilo, třebaže se pokoušelo Novou republiku destabilizovat tajnými operacemi a dodávkami materiálu několika vzbouřeneckým skupinám uvnitř jejího území. Příklady takových akcí mohou být Almanijský incident nebo Corellianská krize.
V přímé konfrontaci by však Impérium proti mnohonásobně silnější Nové republice nemohlo obstát a pragmatický Pellaeon si uvědomil, že jestli chce zajistit Impériu dlouhodobější přežití, bude muset s Novou republikou uzavřít separátní mír. Přes počáteční odpor se mu nakonec podařilo přesvědčit Radu moffů a ostatní členy Nejvyššího velení o nezbytnosti tohoto kroku a mohl vyslat do Nové republiky svého vyslance, aby domluvil předběžná jednání.
Uvnitř Impéria ovšem narazil na tvrdého protivníka, a tím byl moff Disra – vládce sektoru Braxant a toho času i předsedající moff celé Rady. Disra se nikdy s myšlenkou příměří nesmířil a začal spřádat vlastní plány na svržení Pellaeona a potažmo likvidaci Nové republiky. Pro svůj záměr získal bývalého císařského gardistu Grodina Tierce, který byl vynikajícím vojenským stratégem a za pomoci podvodníka, který sehrál roli zmrtvýchvstalého velkoadmirála Thrawna, rozjeli svůj plán, který později vešel ve známost jako Spiknutí s falešným Thrawnem. Nová republika se v té době nacházela na pokraji občanské války ohledně desetiletí starého zničení planety Caamas, do kterého bylo zapleteno i několik Bothanů, a imperiální „triumvirát“ protibothanské nálady uvnitř Nové republiky s pomocí Zpravodajské služby vydatně přiživoval.
Disra by ve své snaze snad i uspěl; Pellaeonovi se však do ruky dostaly kompromitující materiály, které celé spiknutí odhalily, a ten se tak mohl jednou provždy vypořádat se svým odpůrcem a uzavření příměří už nic nestálo v cestě. Smlouva o míru mezi Impériem a Novou republikou byla podepsána patnáct let po bitvě u Endoru, v sekundární velitelské místnosti na palubě Chimaery.
Po uzavření Smlouvy na tom byl Imperiální pozůstatek, přes všechny výhody, jichž si na Nové republice vydobyl, prachbídně. Impérium se dlouho potácelo v hluboké ekonomické krizi a čelilo nutnosti radikální reformy armády. Tato situace trvala dlouhých šest let, aniž by byly nějaké vyhlídky na její zlepšení.
Poté však došlo k události, která měla zásadně změnit tvář celé galaxie – vpád vetřelců, známých jako Yuuzhan Vongové, zasadil Nové republice tvrdou ránu. V počátcích tohoto konfliktu Nová republika požádala Impérium o pomoc, a Impérium jejich žádost vyslyšelo. Vzniklo tak spojenectví, které mělo útok Yuuzhan Vongů odrazit, a do čela spojené flotily byl postaven admirál Pellaeon. Toto spojenectví prošlo zatěžkávací zkouškou v bitvě o planetu Ithor. Bitva samotná skončila pro spojence vítězstvím – flotila nepřítele byla rozdrcena. Yuuzhan Vongům se však pomocí podrazu podařilo Ithor zničit, když na jeho povrchu aktivovali biologickou zbraň, která zničila veškerý život.
Vyděšení moffové odvolali Pellaeona zpět na obranu imperiálního území a spojenectví tak zaniklo. Přesto nějakou dobu ještě obě uskupení proti společnému nepříteli spolupracovala – Impérium poskytovalo Nové republice informační podporu a k Republikové flotile se přidávali imperiální dobrovolníci. S tím, jak Yuuzhan Vongové postupovali stále hlouběji do novorepublikového teritoria, tato spolupráce slábla a nakonec bylo Impérium definitivně odříznuto.
K přímé konfrontaci mezi Impériem samotným a Yuuzhan Vongy zatím nedošlo; třebaže teritorium ovládané Yuuzhan Vongy s Impériem sousedí, Yuuzhan Vongové zatím nebyli ochotni na Impérium zaútočit. Impérium se od té doby opevňuje na svém území a připravuje se na útok, který musí nevyhnutelně přijít, jakmile se Yuuzhan Vongové vypořádají s Novou republikou.